fix(growth,skills,kernel): Phase 0 地基修复 — 经验积累覆盖 + Skill 工具调用

Bug 1: ExperienceStore store_experience() 相同 pain_pattern 因确定性 URI
直接覆盖，新 Experience reuse_count=0 重置已有积累。修复为先检查 URI
是否已存在，若存在则合并（保留原 id/created_at，reuse_count+1）。

Bug 2: PromptOnlySkill::execute() 只做纯文本 complete()，75 个 Skill
的 tools 字段是装饰性的。修复为扩展 LlmCompleter 支持 complete_with_tools，
SkillContext 新增 tool_definitions，KernelSkillExecutor 从 ToolRegistry
解析 manifest 声明的工具定义传入 LLM function calling。

desktop/src-tauri/src/kernel_commands/orchestration.rs

@@ -241,6 +241,7 @@ pub async fn orchestration_execute(
         network_allowed: true,
         file_access_allowed: true,
         llm: None,
+        tool_definitions: Vec::new(),
     };
 
     // Execute orchestration

desktop/src-tauri/src/kernel_commands/skill.rs

@@ -277,6 +277,7 @@ impl From<SkillContext> for zclaw_skills::SkillContext {
             network_allowed: true,
             file_access_allowed: true,
             llm: None, // Injected by Kernel.execute_skill()
+            tool_definitions: Vec::new(),
         }
     }
 }