feat(phase4-5): add Workflow types and expand Skills ecosystem

Phase 4: Type System Completion (P2)
- Add comprehensive Workflow type definitions:
  - WorkflowStepType: hand, skill, agent, condition, parallel, delay
  - WorkflowStep: individual step configuration
  - Workflow: complete workflow definition
  - WorkflowRunStatus: pending, running, completed, failed, cancelled, paused
  - WorkflowRun: execution instance tracking
  - Request/Response types for API operations
  - Control types for pause/resume/cancel
- Update types/index.ts with workflow exports

Phase 5: Skills Ecosystem Expansion (P2)
- Add 5 new Skills with SKILL.md definitions:
  - git: Git version control operations
  - file-operations: File system operations
  - web-search: Web search capabilities
  - data-analysis: Data analysis and visualization
  - shell-command: Shell command execution
- Skills coverage now at 9/60+ (15%)

Documentation:
- Update SYSTEM_ANALYSIS.md Phase 4 & 5 status
- Mark Phase 4 as completed
- Update Phase 5 progress tracking

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

skills/file-operations/SKILL.md

@@ -0,0 +1,142 @@
+---
+name: file-operations
+description: 文件系统操作 - 读取、写入、创建、删除、复制文件和目录
+triggers:
+  - "读取文件"
+  - "写入文件"
+  - "创建文件"
+  - "删除文件"
+  - "复制文件"
+  - "移动文件"
+  - "创建目录"
+  - "列出文件"
+  - "查找文件"
+tools:
+  - read
+  - write
+  - edit
+  - glob
+  - bash
+---
+
+# 文件系统操作
+
+执行文件和目录的读写、创建、删除、复制等操作。
+
+## 能力
+
+- 读取文件：查看文件内容
+- 写入文件：创建或覆盖文件
+- 编辑文件：修改文件内容
+- 删除文件：删除指定文件
+- 复制文件：复制文件到新位置
+- 移动文件：移动或重命名文件
+- 创建目录：创建新目录
+- 列出文件：查看目录内容
+- 查找文件：按模式搜索文件
+
+## 工具依赖
+
+- read: 读取文件内容
+- write: 写入文件
+- edit: 编辑文件（字符串替换）
+- glob: 按模式查找文件
+- bash: 执行复杂文件操作（复制、移动、删除目录等）
+
+## 安全原则
+
+1. **确认操作**: 删除或覆盖文件前确认
+2. **路径验证**: 使用绝对路径，避免路径遍历
+3. **备份重要**: 修改重要文件前建议备份
+4. **权限检查**: 确保有足够的文件系统权限
+
+## 常用操作
+
+### 读取文件
+
+```typescript
+// 使用 read 工具
+read: { file_path: "/path/to/file" }
+```
+
+### 写入文件
+
+```typescript
+// 使用 write 工具
+write: {
+  file_path: "/path/to/file",
+  content: "文件内容"
+}
+```
+
+### 编辑文件
+
+```typescript
+// 使用 edit 工具（替换字符串）
+edit: {
+  file_path: "/path/to/file",
+  old_string: "old content",
+  new_string: "new content"
+}
+```
+
+### 查找文件
+
+```typescript
+// 使用 glob 工具
+glob: {
+  pattern: "**/*.ts",
+  path: "/project/src"
+}
+```
+
+### 复制/移动/删除
+
+```bash
+# 复制文件
+cp /source/file /dest/file
+
+# 复制目录
+cp -r /source/dir /dest/dir
+
+# 移动/重命名
+mv /old/path /new/path
+
+# 删除文件
+rm /path/to/file
+
+# 删除目录
+rm -rf /path/to/dir
+```
+
+## 示例用法
+
+```
+用户: 读取 src/config.ts 文件
+助手: 读取文件内容...
+
+[使用 read 工具]
+
+文件内容如下：
+```typescript
+export const config = {
+  apiUrl: "https://api.example.com",
+  timeout: 5000
+};
+```
+
+用户: 把 apiUrl 改成 http://localhost:3000
+助手: 修改配置...
+
+[使用 edit 工具]
+
+已将 apiUrl 从 "https://api.example.com" 修改为 "http://localhost:3000"
+```
+
+## 输出规范
+
+- 显示操作的目标文件路径
+- 显示操作结果（成功/失败）
+- 读取文件时显示完整内容
+- 编辑时显示变更的 diff
+- 中文描述操作结果